电子身份证开房跟公安局联网吗？

所有需要身份证登记开房时都和公安系统联网的。除非你住的地方不需要身份证就能入住。

我在香港开房、大陆公安系统有记录吗？

这个应该是不会有记录的，因为你没有存在在一个地方。应该是查询不到。处在其他地方的一些记录的。