黑客们拿了别人的网站然后放上自己制作的那个FLASH动画是怎么做出来的,？

那不是flash 那是黑页 俗称挂旗

至于你说的那种效果 这个懂点基本网页制作的都可以制作出来的...

类似黑客帝国躲子弹的动作画面怎么制作？

把人肩膀用钢丝吊着保持这个姿势然后周围360度用几百台照相机拍照片，把照片串起来做成动画